Екологія біологічних систем є однією з основних розділів загальної екології та біології,  інтегральною галуззю  науки,  яка  використовує  теоретичні  та  методичні  положення екології, мікробіології, молекулярної біології і генетики, біохімії, фізіології і цитології. Тварини, рослини і мікроорганізми створюють біологічне різноманіття біосфери  Землі,  проте  лише  у  останні  десятиріччя  вченими  було підтверджено  вагомий  внесок  мікроорганізмів  в  той  чи  інший  процес  в порівнянні з тваринами або рослинами.